摘要 衰老会破坏 DNA 修复和表观遗传控制等细胞过程，导致基因组改变的逐渐积累，从而对有丝分裂后细胞产生有害影响。基因组中富含重复序列的区域的基因组变异通常被称为“暗位点”，使用传统测序方法很难解决。新的长读技术为探索以前无法访问的基因组区域提供了有希望的途径。使用基于纳米孔的长读全基因组测序从 18 岁人类大脑中提取的 DNA，我们确定了重复 DNA 中以前未报告的结构变异和甲基化模式，重点关注转座因子（“跳跃基因”）作为变异的关键来源，特别是在暗位点中。我们的分析揭示了潜在的体细胞插入变异，并为许多逆转录转座子家族提供了 DNA 甲基化频率。我们进一步展示了该技术在研究阿尔茨海默病患者大脑中这些具有挑战性的基因组区域方面的实用性，并确定了病理正常大脑与阿尔茨海默病患者大脑中 DNA 甲基化的显著差异。为了突出这种方法的强大功能，我们发现了具有改变的 DNA 甲基化模式的特定多态性逆转录转座子。这些逆转录转座子位点有可能导致病理学，值得在阿尔茨海默病研究中进一步研究。总之，我们的研究首次基于长读 DNA 测序分析了阿尔茨海默病神经病理学中衰老大脑的逆转录转座子序列、结构变异和 DNA 甲基化。