描述CRISPR(群集定期间隔短的腔液重复序列)与核酸酶Cas9(CRISPR/CAS9)屏幕相结合,代表了一种有前途的技术,可以系统地评估基因功能。CRISPR/CAS9屏幕的数据分析是一个关键过程,其中包括识别屏幕击中并在下游分析中探索这些命中的生物学功能。我们以前已经开发了两种算法Mageck和Mageck-Vispr,以分析CRISPR/CAS9屏幕数据在各种情况下。这两种算法允许用户执行质量控制,读取计数生成和归一化,并计算β分数以评估基因选择性能。在下游分析中,需要生物功能分析才能理解具有不同筛选目的的这些鉴定基因的生物学功能。 在这里,我们开发了用于支持下游分析的Mageckflute。 mageckflute列出了几种策略,以消除SGRNA级读数计数和基因级β分数中的潜在偏差。 包装的下游分析包括识别基本,非必需的和靶相关的基因,以及对这些基因的生物学功能类别分析,途径富集分析和蛋白质复合物富集分析。 该软件包还以多种方式可视化基因,以使用户探索筛选数据。 共同使MageCkflute可以准确鉴定必需,非必需基因及其相关的生物学功能。 此小插图解释了包装的使用并演示了典型的工作流程。在下游分析中,需要生物功能分析才能理解具有不同筛选目的的这些鉴定基因的生物学功能。在这里,我们开发了用于支持下游分析的Mageckflute。mageckflute列出了几种策略,以消除SGRNA级读数计数和基因级β分数中的潜在偏差。包装的下游分析包括识别基本,非必需的和靶相关的基因,以及对这些基因的生物学功能类别分析,途径富集分析和蛋白质复合物富集分析。该软件包还以多种方式可视化基因,以使用户探索筛选数据。共同使MageCkflute可以准确鉴定必需,非必需基因及其相关的生物学功能。此小插图解释了包装的使用并演示了典型的工作流程。
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