整个基因组测序（WGS）的持续实施已为欧洲监视和越野爆发调查提供了新的方法。新法规将在2026年生效，要求欧盟和EFTA国家以及北爱尔兰（英国）对弯曲杆菌（C. jejuni）的整个基因组进行测序S. enterica）与饲料，动物，食物，相关环境分离出与食源性爆发有关的环境，并将WGS结果传输到EFSA [1]。实验室在实施WGS分析工作流程时必须做出各种决策，这可能会影响数据解释并影响可比性。该文档是在下一代测序（NGS Inter-Eurls wg）的欧文间工作组的框架中产生的。它旨在为NRL提供和支持聚类分析的各种选择，其中比较基因组和可视化之间的遗传距离，从而可以解释基因组之间的相关性。该文件的重点是由WG的EURL代表的细菌病原体，因为这些方法尚未适用于寄生虫或病毒的程度。