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T细胞受体（TCR）曲目测序已成为理解宿主免疫系统中T细胞多样性和功能的强大工具。然而，尽管鸡在农业中的重要性和作为免疫学模型，但由于对TCR基因群的不完整基因组注释，鸡肉TCR曲目仍然很少理解。在这里，我们通过使用5'互补DNA末端（5'种族）TCR曲目测序的5'快速放大来解决这个关键问题。同时，我们增强了TCR变量（V）的基因组注释，多样性（D，仅存在于B和D基因座中），并在鸡基因组中加入（J）基因。为提高TCR注释的效率，我们开发了VJ-Gene-Finder，这是一种算法，旨在从脱氧核糖核酸（DNA）序列中提取VJ基因候选物。使用此工具，我们完成了所有已知鸡TCR基因座的全面注释，包括染色体上的A / D基因座。< / div>。进化分析表明，每个基因座通过长长同源单元的重复分别演变。为了定义健康鸡的基线TCR多样性并证明了该方法的可行性，我们表征了脾脏A / B / G / D TCR库。对曲目的分析揭示了在所有链中特异性V和J组合的优先用法，而总体特征是无偏曲线的特征。但是，B和D曲目主要是每只鸟的独特之处。我们观察到了A和G链曲目内的单个鸟类中的中等水平的共享互补性区域3（CDR3）clonotypes，包括最常见的clonotypes。总的来说，我们的TCR曲目分析使我们能够破译鸡T细胞的组成，多样性和功能。这项工作不仅代表了理解禽类T细胞生物学的重要一步，而且还将阐明宿主病原体相互作用，疫苗发育和鸟类免疫学的进化史。
用增强的基因组注释来解开鸡T细胞库
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