在 COVID-19 大流行期间,SARS-CoV-2 变体引发了大规模感染,其推动力是传染性增强和免疫逃逸。当前的模型侧重于变体频率的变化,而没有将其与内在传染性和免疫逃逸的潜在传播机制联系起来。我们引入了一个将变体动态与这些机制联系起来的框架,展示了宿主群体免疫如何与病毒传染性和免疫逃逸相互作用以确定相对变体适应度。我们提出了一种选择性压力指标,仅使用基因数据即可提供流行病增长的早期信号,这对于当前病例漏报至关重要。此外,我们表明潜在免疫空间模型可以近似免疫距离,从而为群体易感性和免疫逃逸提供见解。这些见解完善了实时预测,并为研究病毒遗传学、免疫力和流行病增长之间的相互作用奠定了基础。