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在确定为水污染物的细菌中，已分离出革兰氏阴性菌，特别是属于假单胞菌属、黄杆菌属、加利昂氏菌属、气单胞菌属、弧菌属、无色杆菌属、产碱杆菌属、博德特氏菌属、奈瑟菌属、莫拉菌属和不动杆菌属的细菌。然而，符合水质潜在生物指标特征的细菌群是大肠菌群、肠杆菌科或肠杆菌科，兼性厌氧、不产生孢子、产气和糖酵解乳糖发酵菌，最终产物为酸。它们占人类和动物肠道微生物的 10%，因此它们在水中的存在与粪便污染有关，表明处理不充分或随后受到污染。（Ríos-Tobón 等人，2017 年）
尼加拉瓜食品行业使用紫外线灯进行细菌控制
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