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de从蛋白质设计代表了蛋白质工程中的基本追求,但是当前的深度学习方法仍受其狭窄的设计范围的限制。在这里,我们提出了一个大规模的边界框架,其中包括160亿个参数,并接受了17亿个蛋白质文本对的训练,它将其与蛋白质设计空间相融合,将人类的意图转化为新的蛋白质序列。Pinal不是直接的端到端文本到序列生成,而是实现了一个两个阶段的过程:基于语言指令的首次生成蛋白质结构,然后设计以生成的结构和语言输入为条件的序列。该策略通过在更可牵引的结构域中运行有效地约束了搜索空间。通过全面的实验,我们证明,与现有方法相比,Pinal的性能优于同时工作ESM3,同时表现出对PDB数据库以外的新型蛋白质结构的强大概括。在线演示可在http://www.denovo-pinal.com/上获得。

从自然语言迈向从头蛋白质设计

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