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成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 基因组编辑革命开启了生命科学的新纪元。本文，我们回顾了最先进的计算在 CRISPR-Cas9 革命中的作用，从早期对低温电子显微镜数据的细化到对大规模构象转变的增强模拟。分子模拟报告了 RNA 结合的机制和具有催化能力的 Cas9 酶的形成，这与随后的结构研究一致。受单分子实验的启发，分子动力学为脱靶效应的发生提供了理论基础，而图论则揭示了变构调控。最后，使用混合量子经典方法建立了 DNA 裂解的催化机制。总体而言，分子模拟在理解 CRISPR-Cas9 的动力学和机制方面发挥了重要作用，有助于理解功能、催化、变构和特异性。
从计算方法角度研究 CRISPR-Cas9 的动力学和机制
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