整个转录组的分析已成为分子生物学的基石，也是表征临床表型和识别疾病亚型的宝贵工具。随着我们不再局限于简单的比较，而是考虑高阶相互作用和关联网络，对这些数据的分析变得越来越复杂。基因调控网络模拟了转录因子和基因的调控关系，并允许识别疾病系统中差异调控的过程。从这个角度来看，我们讨论了基因靶向评分，它衡量推断的调控网络相互作用的变化，以及它们在识别疾病相关过程中的用途。此外，我们提供了一个胰腺导管腺癌的示例分析，展示了基因靶向评分识别复杂表型之间差异过程的能力；如果只进行差异表达分析，这些过程可能会被忽略。这个例子表明，基因靶向评分是基因表达分析在疾病和其他复杂表型表征中的宝贵补充。