CRISPR-Cas13 系统最近已用于各种生物体的靶向 RNA 降解。然而,旁观者 RNA 的附带降解已成为其体内应用的主要障碍。我们设计了一种双荧光报告系统,用于检测附带效应并筛选哺乳动物细胞中的 Cas13 变体。在 200 多种工程变体中,几种 Cas13 变体(包括 Cas13d 和 Cas13X)表现出有效的靶向活性,但附带活性明显降低。此外,这些变体不存在由 Cas13 诱导的转录组范围的脱靶和细胞生长停滞。重要的是,高保真 Cas13 变体表现出与野生型 Cas13 相当的 RNA 敲低活性,但在转基因小鼠和腺相关病毒介导的体细胞靶向中没有可检测到的附带损伤。因此,现在可以使用附带效应最小的高保真 Cas13 变体来在基础研究和治疗应用中靶向降解 RNA。